A mikrobiológiai vizsgálatok fontossága, folyamata:

A klinikai mikrobiológia a fertőző betegségek klinikai diagnózisának mikrobiológiai megerősítésével segíti az állatorvosok munkáját.
Élő mikroorganizmusok közvetlen vagy közvetett kimutatása adja a mikrobiológiai diagnózis alapját. Ezáltal a folyamat időigényes és az orvos korábbi diagnózisát megerősítheti, de akár módosíthatja is.
A mikrobiológiai labor elsődleges feladata a kórokozó kimutatása, identifikálása, majd antibiotikum rezisztenciájának meghatározása. Ezért is kell nagy hangsúlyt fektetni a megfelelő mintavételi eszközök és technikák megválasztására.

Mintavételi eljárások, eszközök

Szemváladék
A könny biokémiai összetevőinek köszönhetően a szemváladék nem tartalmaz normál flórát, azonban a bőrflóra baktériumai kis számban előfordulhatnak benne.
Conjunctivitis esetén az alsó szemhéj kötőhártyájáról, keratitis esetén a corneáról, a könnyszervek gyulladásánál a könnyvezeték, ill. a könnyzacskó megnyomása után nyert váladékot steril vattatamponnal transzport közegbe mossuk.

Fülváladék
A kutyák hallójárata „L” alakú. A függőleges része a külső fülhöz, a vízszintes része pedig a dobhártyához vezet.
A mintát a függőleges részen túlmenve a vízszintes részről kell venni, vigyázva, hogy ne sértsük meg a dobhártyát. Mintavétel előtt érdemes a külsőfület melegvizes vattával áttörölni, hogy elkerüljük a környezetből származó baktériumok kontaminációját.
A mintát szintén transzportos közegbe célszerű venni.

Torokváladék
A felső légutak normál flórájában megtalálhatóak aerob, anaerob baktériumok, gombák és kis mértékben vírusok is. Itt kóros kórképet jelöl a normál flóra hiánya vagy összetételének megváltozása. A mintavétel lehetőleg táplálkozás előtt történjék, mert utána a száj- és garatváladék összetétele megváltozik. A nyelvet le kell szorítani, és a tonsilla felszínét, a hátsó garatívet, a gyulladt területeket, fekélyes vagy álhártyás részeket alaposan meg kell törölni a steril fiziológiás oldattal előzetesen megnedvesített vattatampon forgatása mellett.

Orrváladék
Fiziológiásan steril, vagy a garatflóra mikroorganizmusait tartalmazza. Főleg baktériumhordozás szűrésekor vagy orrnyálkahártya megbetegedéseinek kimutatásakor használják.
Fontos, hogy az orrjáratban kissé beljebb nyúljunk és onnan vegyünk mintát. Ilyenkor használjunk inkább vékonyabb vattapálcát, melyet szintén tud laborunk biztosítani.
Ebben az esetben is transzportos közegbe vegyünk mintát.

Alsólégúti minták
A szájflóra szennyező hatásának elkerülése érdekében alkalmazható a bronchoalveolaris lavage (BAL) mintavétel.

Sebváladék
Amennyiben sebkimetszés, vagy biopszia nem végezhető, alaposan forgassuk meg a steril vattapálcát a sebben. Legjobb esély a baktériumok kimutatására az, ha a mintát a gyulladt és ép felület határáról vesszük. A mintát transzportközegbe kell venni.

Vizelet
A vizelet fiziológiásan steril.Vizsgálati anyag lehet spontán ürített (középsugaras) vizelet, katéteresen vett, vagy hólyagpunkció útján vett vizelet.A mintát steril fecskendőbe lehet szívni, vagy külön erre a célra szolgáló steril vizeletes tartályba és úgy bejuttatni a laborba.Hüvely/tasakváladék:
A hüvelyből illetve a tasak- valamint pénisz nyálkahártyájáról vett mintát is steril transzportos közegbe kell venni.
Amennyiben a terület erősen szennyezett érdemes alaposan gyógyszer-, vagy gombaölőmentes samponnal átmosni azt.

Bélsár
Anaerob és aerob baktériumokból, gombákból, vírusokból összetevődő normál flórával rendelkezik, ritkábban protozoonokat is tartalmazhat. A bélsár makroszkóposan kóros (gennyes, nyákos, véres) részének tetejéről vegyünk mintát, vagy közvetlenül a végbélből.
A mintát egy erre a célra használatos steril bélsártégelybe vegyük.

Bőrkaparék
Ha a terület erősen szennyezett, először mossuk le egy gyógyszermentes, gombaölőmentes szappannal (pl. folyékony mosogatószer). Szikepengével kaparékot veszünk az első vércsepp megjelenéséig egy tárgylemezre vagy egy steril eszközbe (pl. fecskendő). Hasznos ha a mintavételhez használt szikepengét is elküldik, hiszen az azon maradt váladék, bőrdarabka, szőr is fontos információt tartalmaz a kórokozó kimutatásához.